Teilchenkolloquium: Transparency, reproducibility and the democratization of an ecosystem – the benefits of Snakemake 8
Abstrakt:
Das Snakemake Workflow-Management-System ist ein Werkzeug zur Erstellung reproduzierbarer, skalierbarer, transparenter und anpassbarer Datenanalysen. Workflows werden in einer für Menschen lesbaren, auf Python basierenden Sprache beschrieben. Sie können nahtlos auf Server-, Cluster-, Grid- und Cloud-Umgebungen skaliert werden, ohne dass die Workflow-Definition geändert werden muss. Schließlich können Snakemake-Workflows eine Beschreibung der erforderlichen Software enthalten, die automatisch in jeder Ausführungsumgebung bereitgestellt wird.
Mit über 1 Million Downloads und durchschnittlich über 11 neuen Zitaten pro Woche (>2000 insgesamt) ist Snakemake ein weit verbreiteter und akzeptierter Standard für reproduzierbare Datenwissenschaft, der zu zahlreichen hochrangigen Publikationen geführt hat und in vielen wichtigen Projekten eingesetzt wird, von der Entwicklung unseres Wissens über das menschliche Genom über die Virenüberwachung während der SARS-CoV-2-Pandemie bis hin zur Teilchenphysik am CERN.
In diesem Vortrag wird Snakemake kurz vorgestellt, gefolgt von detaillierten Einblicken in die jüngsten Fortschritte des Ökosystems und bewährte Verfahren.
Weitere Informationen dem zugehörigen Indico-Eintrag zu entnehmen.